Este centro inicia su funcionamiento desde 1991, principalmente con apoyos provenientes de la Secretaría de la Educación Publica (SEP), a través del Fondo para la Modernización de la Secretaria de la Educación Superior (FOMES) y del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología(CONACYT).

Inicialmente funcionó en un esquema de red con la participación de investigadores de diversas instituciones nacionales e internacionales. La difusión de la investigación fue exitosa, logrando la publicación de artículos en revistas arbitradas e indizadas, además de presencia del Centro en foros especializados de reconocido prestigio. Sin embargo, gran parte de las actividades eran realizadas externamente, sin participación al interior de la Universidad Autónoma de Campeche.

La dinámica académica tuvo un nuevo derrotero al ingresar al Programa de Mejoramiento del Profesorado (PROMEP), que asignó cuatro funciones a los profesores: Investigación, docencia, gestión y tutorías. De esta manera, ahora los investigadores adscritos al Centro diversificaron sus actividades, siendo primordial la integración con la Facultad de Ciencias Químico Biológicas y posteriormente la Facultad de Ingeniería. En 1998 se impartió la Maestría en Metalurgia en convenio con la Facultad de Química de la UNAM; dos estudiantes cursaron sus asignaturas y obtuvieron el grado.

Ante la exigencia de mejorar los indicadores, en 2000 fue elaborado un plan de desarrollo que incluyó la programación de la superación académica para la obtención del grado de Doctor de todos los profesores investigadores, así como la contratación de nuevos investigadores cuya trayectoria reforzara las líneas de investigación vigentes. Los 10 profesores adscritos a esta dependencia cuentan con el grado de Doctor. Asimismo, se cuenta con dos cuerpos académicos consolidados.

En cuanto a distinciones, 4 profesores cuentan con el reconocimiento del Sistema Nacional de Investigadores Nivel II, 5 con el Nivel I. Seis profesores tienen vigente el reconocimiento Perfil PROMEP deseable.

La Maestría en Ciencia de la Preservación de Materiales que se ofrece en colaboración con la Facultad de Ingeniería, ingresó en 2010 al Padrón Nacional de Posgrados de Calidad en la modalidad de programa de reciente creación.